Το 1999 μετά από διαφωνία μου με την Διοίκηση της ΕΡΤ (Πρόεδρος Παναγιώτης Παναγιώτου) αναγκάστηκα για λόγους αξιοπρέπειας σε παραίτηση.
Όταν το 1997 είχα αναλάβει την θέση του Δ/ντη των Μουσικών Συνόλων ΕΡΤ είχα δηλώσει στον Δ. Ρέππα που ήταν ο αρμόδιος υπουργός για τα της ΕΡΤ, ότι αν δεν λυθούν τα εργασιακά θέματα των μουσικών μέσα σε μια διετία, θα παραιτηθώ από τη θέση μου. Μετά δύο χρόνια η προσπάθεια μου να συνδέσω το όνομά μου με μια σημαντική βελτίωση λειτουργίας των Μουσικών Συνόλων μου ήταν καθαρό ότι δεν έβρισκε καμία ανταπόκριση και υποστήριξη από την Διοίκηση της ΕΡΤ. Όπως δυστυχώς γενικά συμβαίνει στην Ελλάδα οι διοικούντες δεν έχουν την απαιτούμενη καλλιέργεια και μονίμως αντιμετωπίζουν αδιάφορα και απαξιωτικά την σοβαρή μουσική, ενώ λατρεύουν κάθε απλοϊκή (και μερικές φορές χυδαία) μουσική έκφραση.
Το να παραιτηθώ από έναν φορέα στον οποίο είχα την ευθύνη τόσο πολλών και πολύ άξιων συνόλων, ήταν για μένα μια εξαιρετικά δύσκολη απόφαση. Έκανα μια τελευταία προσπάθεια και επισκέφθηκα τον τότε Πρόεδρο της ΕΡΤ Παναγιώτη Παναγιώτου. Τον ρώτησα αν προτίθεται η ΕΡΤ να αναβαθμίσει τα Μουσικά της Σύνολα ώστε – μια και διέθεταν πολύ καλό έμψυχο υλικό – να έχουν ανάλογη μορφή και λειτουργία με εκείνη των Μουσικών Συνόλων των Ευρωπαϊκών Ραδιοφωνιών. Ο Πρόεδρος με απαξιωτικό τρόπο μου ζήτησε να μην ασχολούμαι με τους μουσικούς και να αρκεστώ που είχα μια καλή θέση διευθυντή. Η συζήτηση αυτή επισφράγισε τους φόβους μου ότι δεν υπήρχε το παραμικρό ενδιαφέρον της Διοίκησης για τα Μουσικά Σύνολα. Κατέβηκα στο γραφείο μου, έγραψα την παραίτησή μου και μετά ζήτησα να έρθουν στο στούντιο C όλοι οι εργαζόμενοι στα Μ. Σύνολα και τους ανακοίνωσα την παραίτησή μου. Ήταν για μένα θέμα αξιοπρεπείας να τηρήσω τον όρο που είχα θέσει όταν ανέλαβα τα Μ. Σύνολα. Η διετία που είχα θέσει ως χρονικό όριο είχε περάσει και δεν είχε γίνει καμία ουσιαστική βελτίωση λειτουργίας παρά τις πολλές και πάρα πολύ πετυχημένες όλων των τμημάτων των Μουσικών Συνόλων της ΕΡΤ.
Με την παραίτησή μου ασχολήθηκε αρκετά ο ημερήσιος και περιοδικός Τύπος. Ανάμεσα στα άλλα γράφτηκε και το ακόλουθο :
Η παραίτηση του Αλκη Μπαλτά από τη θέση του διευθυντή των Μουσικών Συνόλων της ΕΡΤ , συνοδευμένη με ανοιχτή επιστολή για τη στήριξη των Συνόλων, υπογράμμισε για μια ακόμη φορά τις κυβερνητικές ευθύνες για τον καλλιτεχνικό μαρασμό και τα οξύτατα προβλήματα των μουσικών και χορωδών.